《湖泊科学》已经被国内所有数据库（机构）列为核心期刊，并被EI Compendex等数10家国际专业数据库收录：

　　中国科学引文数据库核心期刊(CSCD) ;
　　中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊) (中国科技信息研究所，万方数据)；
　　《中文核心期刊要目总览》核心期刊(第 4版、第5版、第6版、第7版、第8版)(北京大学图书馆)；
　　中文科技期刊数据库（重庆维普）；

       《中国学术期刊影响因子年报》统计源期刊(中国知网)；
       RCCSE中国核心学术期刊(武汉大学中国科学评价研究中心)；
　　中国学术期刊综合评价数据库(中国知网)；
　　“万方数据——数字化期刊群”；
　　中国期刊网、中国学术期刊 (光盘版 )全文收录期刊 ;
　　中国地理与资源文摘；
　　中国生物学文摘；
　　古生物学文摘；
　　水文水资源文摘；
   中国学术期刊文摘等.

　　AESIS;
　　Bibliography and Index of Geology;
　　BIOSIS Previews;
　　Cambridge Scientific Abstracts;
　　Aquatic Sciences & Fisheries Abstracts
              (1:Biological Sciences and Living Resources,
               2: Ocean Technology,Policy and Non-Living Resources,
               3: Aquatic Pollution and Environmental Quality);
　　Chemical Abstracts；
       Current Geographical Publications;

       EI Compendex;
       Environmental Engineering Abstracts;
       Environmental Knowledgebase;
       Georef;
       Meteorological and Geoastrophysical Abstracts;
       Ocean Abstracts;
       Pollution Abstracts;
       Sustainability Science Abstracts;
       Water Resources Abstracts;
       Zoological Records;
       VITINI Database (俄罗斯)
       日本科技文献速报